Здравствуйте, -rsdn-, Вы писали:

R>Удаляю все содержимое сайта, захожу через UI и сохраняю новые настройки. Затем публикую сайт. Я предполагал что настройки будут перезаписаны, но оказалось сохранились. Где они сохраняются? Machine.config это для всего .net, web.config это для сайта. Больше мест не знаю.

веб.конфиги могут в любой поддиректории лежать. Возможно у тебя их несколько.