Удаляю все содержимое сайта, захожу через UI и сохраняю новые настройки. Затем публикую сайт. Я предполагал что настройки будут перезаписаны, но оказалось сохранились. Где они сохраняются? Machine.config это для всего .net, web.config это для сайта. Больше мест не знаю.