Поясни, чего хочешь.
bower-управление пакетами.
gulp-скрипты для сборки.
В общем случае они никак не связаны.
Чтобы сгенерить конфигурацию для gulp нужно знать, как будет выполняться сборка
и тут куча вариантов: можно копировать bower-пакеты, можно бандлить их, можно банлить часть пакетов в один файл, а часть в другой и т.д. и т.п.
Что по твоему должно быть в этом автоматически сгенеренном gulpfile.js?