Здравствуйте, Аноним, Вы писали:

А>Как объяснить IIS-у, что он эту сборку для данного виртуального приложения грузить не должен?

Зависит от того, как именно указана загрузка сборки.
Если это просто элемент коллекции (например, коллекция сборок-плагинов), то достаточно в такой же коллекции уровнем ниже дать команду <remove name="имя удаляемого элемента"/> иди вообще <clear />

Однако, если сборка тянется как часть (референс) чего-то другого (даже просто сборки, с помощью которой читается конфигурационный файл) вы уже, скорее всего, ничего не сделаете.