WCF — это SOA, а концепция SOA — это как раз "запрос-ответ".
Это я к тому, что WCF плохо приспособлен к выполнению длительных задач в фоне.
Сделайте обычную службу Windows, которая будет делать фоновую работу.
Сделайте WCF-службу, которая будет снимать статус первой службы и управлять ею.
Так, имхо, правильней будет.