Один из вариантов: добавить в aspx следующий код

<script language="javascript" type="text/javascript">
var linkId = "<%=linkButton.ClientID%>"
</script>

где linkButton твой серверный контрол, к которому ты хочешь обратиться со скрипта.

Потом в любом месте в javascript-е пишешь
document.getElementById(linkId);