Я делаю так.
1. Создаю базовый класс (пусть называется PrntPage) для страниц, использующих матстерпейдж
2. Соответственно, наследую все такие страницы от PrntPage, а не от System.Web.UI.Page
3. В базовом классе реализовываем заполнение матстерпейдж

Пример

public class PrntPage: System.Web.UI.Page
{

    protected PrntPage()
    {
        Load += new EventHandler(PrntPage_Load);
    }

    void PrntPage_Load(object sender, EventArgs e)
    {
        //здесь заполняем наши контролы
        Control ctrl = Master.FindControl("masterpagecontrolID");// итд.
    }

Таким образом, избавляем себя от заполнения контролов на каждой странице