Если кому-то еще интересно. Проблема решается следующим образом. В IIS (по крайней мере 6-м) в свойствах пула приложений есть св-во Idle Timeout. Устанавливает время в минутах после истечения которого процесс, если он все время находился в состоянии простоя, будет уничтожен. По умолчанию стоит 20 минут. Если убрать эту функциональность или просто увеличить эту цифру, то все отрабатывает успешно. Т.е. во время выполнения ХП рабочий поток переходит в состояние Idle и, соотвтственно, умирает по истечении 20 минут.
Ларчик просто открывался