Привет народ. Спасибо что откликнулись. Я разобрался.
Мне нужно было создать директорию и для неё зарегистрировать обработчики.
Вот моё решение, может и не совсем правильное.
Вот результат:

public void CreateVDir(ref string VDirName,ref string VDirPath)
{
string[] mapp=new string[2];
mapp[0]=".ifrm,C:\\WINDOWS\\Microsoft.NET\\Framework\\v1.1.4322\\aspnet_isapi.dll,1,OPTIONS,GET,HEAD,POST,PUT,DELETE,TRACE,DEBUG";
mapp[1]=".chart,C:\\WINDOWS\\Microsoft.NET\\Framework\\v1.1.4322\\aspnet_isapi.dll,1,OPTIONS,GET,HEAD,POST,PUT,DELETE,TRACE,DEBUG";
//APPL_MD_PATH
DirectoryEntry root = new DirectoryEntry("IIS://localhost/W3SVC/1/ROOT");

//For append new directory

DirectoryEntry vd = root.Children.Add(VDirName, "IIsWebVirtualDir");

vd.Properties["Path"][0]=VDirPath;
vd.Properties["AuthAnonymous"][0]="TRUE";
vd.Properties["AuthBasic"][0]="FALSE";
vd.Properties["AuthNTLM"][0]="FALSE";
vd.Properties["DefaultDoc"][0]="default.aspx";
vd.Properties["AccessRead"][0]="TRUE";
vd.Properties["AccessExecute"][0]="FALSE";
vd.Properties["AccessWrite"][0]="FALSE";
vd.Properties["AccessScript"][0]="TRUE";
vd.Properties["EnableDefaultDoc"][0]="TRUE";
vd.Properties["EnableDirBrowsing"][0]="FALSE";
vd.Invoke("AppCreate",true);
vd.CommitChanges();

PropertyValueCollection newval=vd.Properties["ScriptMaps"];
newval.AddRange(mapp);

vd.CommitChanges();
}