Здравствуйте, Nisus, Вы писали:

N>ну совсем отключить не получится, но можно во вложенном файле во всех критичных разделах сделать <clear/> что приведет к очистке всех унаследованных значений.

Не помогло
В конкретном случае App2 ругается на содержимое секции <httpHandlers> App1
Я так понимаю, сначала грузится Web.config от App1, а затем уже от App2, поэтому дело до <clear/> не доходит.

Думаю выход в свойстве allowOverride секции <location>, но добавление строчки <location allowOverride="false" /> в родительский Web.config ни к чему не привело...