Здравствуйте, ___vic, Вы писали:

_> Добрый вечер. Суть проблемы такова:
_> есть поток, который опрашивает удаленный сервер на наличие новых сообщений, затем вызывает метод обновления(допустим UpdateContent) через Invoke, в котором обновляется содержимое контролов основного окна и создается не модальное окно с кол-вом новых сообщений, и это окно забирает на себя фокус, непрятно когда в этот момент происходит работа с другим окном(наприм. печатаем ответ). Каким образом изменить это поведение, чтобы не было потери фокуса при порождении окна из другого потока?

Именно с подобным поведением не сталкивался (немодальные окна не выпедривались), поэтому чисто предположения:
Попробуйте SendToBack,UpdateZOrder, указать новому окну правильного родителя (не null)