Добрый день.

Такая проблема: при закрытии второго окна (оно должно висеть над основным) поисходит потеря фокуса основного окна и его замещает окно любого другого приложения, открытого в этот момент...

var window = new Формы.Форма1() { Owner = App.Current.MainWindow };
window.Show();

Это можно как-ниб попбороть?

Дописал вот это — помогает, но хотелось бы узнать почему такое вообще происходит?

window.Closed += delegate { App.Current.MainWindow.Focus(); };