Столкнулся с такой проблемой. Есть словарь ресурсов для приложения. Для элементов типа UserControl стили устанавливаются отлично. А вот для окон, которые создаются по нажатию на кнопку все остается по умолчанию.

<Window.Resources>
        <ResourceDictionary Source="..\..\WPFResources.xaml"/>
</Window.Resources>