Смотрю reflectorом классы Application и Window и не могу понять, как и где этот параметр влияет на жизнь приложения? Ну есть Application.WindowsInternal и Application.NonAppWindowsInternal, ну экземпляры Window регистрируют/разрегистрируют себя в этих коллекциях, ну а где, собственно, сама проверка происходит, что, мол, в зависимости от ShutdownMode пора на выход?