V>Но с другой стороны вопрос остается открытым — в связи с чем основная форма отправляется на задний план? Ведь MessageBox вызывается из освного потока, то есть у него родителем является главная форма.

Вы в параметрах метода Show объект главного окна указываете (то, что я в предыдущем посте написал)? Сам по себе тот факт, что вы это из основного потока вызываете, нисколько не влияет на то — будет главная форма родителем или нет.