Здравствуйте, HelgSpb, Вы писали:

HS>А вот как там с аппаратной частью внутрисхемной отладки, я хз. С авр, а тем более с ардуиной в частности, не работал вообще.

С аппаратной все просто, JTAG ICE (первый) на коленке делается на 16 меге (и FT232, если порта нет). Есть еще HappyJTAG2 на одной FT2232 и софтовой эмуляции.
Можно родной ICE купить, правда дорого. Или дракона, говорят, блох всех выловили, а цена у него очень неплохая, если в наших магазинах не брать.