Стандартная жабная IDE ардуинки таки плоха. Поковырялся вчерась в интернетах, внезапно для себя обнаружил что code::blocks вполне себе умеет ардуинку, надо только чуток донастроить. В принципе под винду оно сразу настроеное, а под линупс (в связи с тем, что автор, видимо решил блюсти чистоту дистрибутивов) донастраивать надо чуток вручную. Если кратко, то просто прикручивается еще один мастер к IDE. Всё достаточно просто. Будут вопросы — обращайтесь.

Ну, а вообще, никто не мешает к любой ide прикрутить avr-gcc и avrdude. Я вообще подумываю на cmake это реализовать, хотя еще не курил вопрос.