Ваши варианты:

1. Спасибо, что согласились встретится со мной. (Мои варианты: Thanks for your agreeing to meet with me, Thanks for meeting with me)
2. Спасибо, что согласились ответить на мой вопрос. (Мои варианты: Thanks for answering my question).

Правильно ли кстати в примерах выше использован герундий ?

Возможно, native speakers употребляют другие варианты на ответы типа "Спасибо, что ..."