G>Причем, при выгрузке домена происходит memory leak, что в ряде случаев тоже может стать проблемой. Не знаю, поправили ли это во второй версии фреймворка.
Memory leak возникает, если загружать каждый раз разные сборки (!). Случай довольно специфический, но иногда это чудовищные грабли. Это значит, в частности, что пользуясь платформой .NET не так просто написать Web-browser с поддержкой JavaScript.

Далее, приятная новость осени прошлого года. Microsoft прекратил разработку продукта Visual Studio for Applications .NET. Продукта не будет. Всем сожалеющим об этом рекомендуется кастомизировать "взрослую" Visual Studio .NET. Надеялись использовать VSA? Хренушки.

Короче, если нужен полноценный скриптинг во всех позах, Java — лучший выбор, чем .NET. Почему так:
1) Единица загрузки — класс (не сборка).
2) Неиспользуемые классы удаляются GC (в дот нет вы можете выгрузить только домен целиком, обязаны делать это вручную, и это в некоторых случаях дает memory leak)
3) Плюс к этому, написав свой ClassLoader, вы полностью контроллируете политику загрузки и выгрузки классов.
4) Для JVM есть большое количество готовых скриптовых языков и решений.