Не обладая существенным опытом работы с MSSS тем не менее возьму на себя смелость поделиться мнением о RUP и соответствующих продуктах от Rational, поскольку практически вся их линейка у нас ипользуется.

1. Насколько мне известно (по крайней мере в средних проектах из 20-30 человек) упомянутые продукты вполне можно использовать без какой либо интеграции и таким образом используемая система контроля версий не оказывает влияния на остальные подсистемы

2. Вообще говоря RUP отнюдь не подразумевает обязательного использования продуктов Rational, которые вообще говоря дороги и требуют качественного администрирования. Имеются существенны основания быть осторожными в переходе под RUP, поскольку его серьезное внедрение в масштабах целой компании обходться дорого в терминах и денег и усилий, и иногда себя не окупает.

3 Стоит иметь в виду текущий интерес индустрии к Agile методологиям и определенные сомнения в будущей судьбе монстров калибра RUP (см например http://www.sdmagazine.com)