Что значит мертвый код? Есть разные варианты (градации) мертвости кода
1) Код недостижим из пользовательского интерфейса
1.1) не будут вызывать никогда
1.2) возможно станут вызывать в будущем
2) Код достижим из пользовательского интерфейса, но пользователи его не вызывают
2.1) не будут вызывать никогда
2.2) возможно станут вызывать в будущем

Предполагаю, что у Вас все 4 варианта.
Определить вариант 1 легко, если язык со статической типизацией.
Чтобы определить варианты 2, 1.1 и 1.2, нужно очень хорошо знать аналитику. Так как вы новички в проекте, скорей всего вы её достаточно хорошо не знаете.

В зависимости от варианта есть разные степени очистки мертвого кода:

1) закомментирование кода (для варианта 1.2)
2) Атрибуты Deprecated или Obsolete или оборачивание кода в комментарий с пометкой (для варианта 2.2)
2) удаление и сохранение старой копии (для варианта 1.2)
3) удаление и сохранение в VCS (для вариантов 1.1 и 2.1)