S> вы определитесь наконец — вы абстрактный фреймворк ваяете, или конкретную проблему решить?

Так я сразу определился. Мне нужен фреймворк. Интересуюсь, как делают фреймворки вообще, абстрактно. Выяснил, что методики нет.

S> пытаетесь поверх существующей инфраструктуры и существующих форматов файлов

Существующие форматы файлов — это часть требований. Нельзя просто взять их и выкинуть.
Поэтому даже совершенно новый фреймворк всё равно будет дело с этими же форматами иметь.

S> И давайте конкретику уже, а то у нас какой-то холивар вместо собственно обсуждения получается

Да уж куда конкретнее-то? Вся конкретика есть уже в первом посте.

Интересуюсь я не просто так, не на голом месте интерес. И я конкретно расписал, какой мне нужен фреймворк и для чего.

Моя проблема конкретная в том смысле, что В КАЧЕСТВЕ ПРИМЕРА я привел конкретный фреймворк существующий, а мне нужен тоже КОНКРЕТНЫЙ, но с необходимыми мне возможностями.
Существующую инфраструктуру хотелось бы проанализировать на возможность допилки. Потому что в этом случае есть надежда снизить вероятность ошибок проектирования.

Про .csproj вы выше всё сами расписали.
С ошибками правда, указав что бывают Project Reference (в .csproj), Assembly Reference (в .csproj)
и ссылки (dependencies) между проектами в .sln, только вы смешали второе и третье понятие.
Другой коллега не в курсе, что если преобразовывать XML при помощи XSLT, то форматирование слетает.
И вообще XML — это третий уровень, а изменять хочется средствами пятого.