S> Один подвох: на сегодня это не public API, оно не закончено и оно не рассчитано

а других API у нас для вас нет:

http://arsenshnurkov.github.io/linux-sharp/mpt-csproj/existing-code.htm

V> Вы определитесь с проектом

а вы почитайте доку на msbuild, он не работает с конкретными видами проектов, только с обобщёнными MsBuild Item

S> я могу только помахать рукой и пожелать удачи

я так и сказал. Могли бы что-то ещё, дали бы ссылку на книжку с методикой.