[Authorize("Admin")]
class UserConteroller 
{
    MyDataContext ctx = new MyDataContex();

    [Action("Deactivate")]
    [HttpPost]
    async ActionResult DeactivatePost(int userId)
    {
        var user = ctx.Users.First(u => u.Id == userId);
        user.Actve = false;
        await ctx.SaveChagesAsync();
        return Redirect("Index");
    }
}

@PersistenceContext
K>private EntityManager em;

class UserService
{
  void deactivateUser()
  {
    try(EntityManager em = new EntityManager())
    {
       em.executeQuery(...);
    }
  }
}

class UserService
{
  @PersistenceContext private EntityManager em;

  void deactivateUser()
  {
       em.executeQuery(...);
  }
}

И вот я представляю как мне нужно юзеру просто поставить IsActive в false.

class UserManager
{
  final UserRepo userRepo;
  final SomeSecurity someSecurity;
  final UserService userService;
  final SessionService sessionService;
  //ctor

  @аннотации, чтобы опубликовать этот метод как REST API, может ещё декларативное управление транзакциями, т.к. findById и update(user) должны выполнятся в одной транзакции.
  void deactivateUser(long userId)
  {
    User user = userRepo.findById(userId);
    if(user == null)
      throw new NotFoundException("boom");
    if(sessionService.getCurrentUser().equals(user) && !user.isMad())
      throw new SuicideNotAllowedException();
    someSecurity.checkSomething(user);
    userService.deactivateUser(user);
    // ещё обычно формируется ответ, но для простоты пусть будет void
  }
}

class UserService
{
  final AuditSerivce auditSerivce;
  final UserRepo userRepo;
  final CommunicationService communicationService;
  //ctor

  void deactivateUser(User user)
  {
    if(!user.isActive()) return;

    auditSerivce.reportAction(AuditOperation.DEACTIVATE_USER, user.getId());

    user.setActive(false);
    userRepo.update(user);
    communicationService.sendMessage(user, "sorry, I don't like you");
  }
}

class UserRepo
{
   final Database database;
   //ctor
   User findById(long id)
   {
     return database.selectQuery....;// запрос, скорее всего с какими-нибудь фильтрами, например, чтобы скрыть логически удалённых юзеров.
   }
   void update(User user)
   {
     database.updateQuery....;
   }
}

class ApllicationContext
{
  void configure()
  {
    Database database = new Database("connectionString for data");
    Database auditDatabase = new Database("connectionString for audit");
    SmtpClient smtpClient = new SmtpClient("mail.google.com", 25);
    RestApiPublisher restApiPublisher = new RestApiPublisher("my.service.com", 80);

    UserRepo userRepo = new UserRepo(database);

    AuditSerivce auditSerivce = new AuditSerivce(auditDatabase);
    CommunicationService communicationService = new CommunicationService(smtpClient);
    UserService userService = new UserService(auditSerivce, userRepo, communicationService);
    SessionService sessionService = new SessionService(restApiPublisher);

    UserManager userManager = new UserManager(userRepo, someSecurity, userService, sessionService);

    restApiPublisher.publish("url/to/user/api", userManger);
    restApiPublisher.start();
  }
}

int f(int a, b, c)
{
   return a + b - c;
}

int calculateAmountToCharge(int orderPrice, deliveryPrice, discount)
{
  int totalPrice = orderPrice + deliveryPrice;
  return totalPrice - discount;
}

  void deactivateUser(long userId)
  {
     jdbcOperations.update("update user set active=false where id=?", userId);
  }

G>var user = await ctx.Users.FirstOrDefaultAsync(u => u.Id == userId);
G>if(user == null) return NotFound();
G>user.Active = false;
G>await ctx.SaveChangesAsync();
G>return Ok();
G>

G>public static IQueryable<User> WithoutOpenOrders(this IQueryable<User> source)
G>{
G>    return source.Where(u => !u.Orders.Any(o => o.CloseDate == null)); 
G>}
G>

G>ctx.Users.WithoutOpenOrders().First(u => u.Id == userId);
G>

G>[Authorize("Admin")]
G>class UserConteroller 
G>{
G>    MyDataContext ctx = new MyDataContex();

G>    [Action("Deactivate")]
G>    [HttpPost]
G>    async ActionResult DeactivatePost(int userId)
G>    {
G>        var user = ctx.Users.First(u => u.Id == userId);
G>        user.Actve = false;
G>        await ctx.SaveChagesAsync();
G>        return Redirect("Index");
G>    }
G>} 
G>

OnButtonClick { /* поехали писать в базу, пусть даже и в другом потоке*/ }

G>>[Authorize("Admin")]
G>>class UserConteroller 
G>>{
G>>    MyDataContext ctx = new MyDataContex();

G>>    [Action("Deactivate")]
G>>    [HttpPost]
G>>    async ActionResult DeactivatePost(int userId)
G>>    {
G>>        var user = ctx.Users.First(u => u.Id == userId);
G>>        user.Actve = false;
G>>        await ctx.SaveChagesAsync();
G>>        return Redirect("Index");
G>>    }
G>>} 
G>>

ctx.Users.Where(u => !u.Orders.Any(o => o.CloseDate == null)).First(u => u.Id == userId);

var user = await ctx.Users.FirstOrDefaultAsync(u => u.Id == userId);
if(user == null) return NotFound();
user.Active = false;
await ctx.SaveChangesAsync();
return Ok();

G>>ctx.Users.Where(u => !u.Orders.Any(o => o.CloseDate == null)).First(u => u.Id == userId);
G>>

public static IQueryable<User> WithoutOpenOrders(this IQueryable<User> source)
{
    return source.Where(u => !u.Orders.Any(o => o.CloseDate == null)); 
}

ctx.Users.WithoutOpenOrders().First(u => u.Id == userId);

class UserManager
{
    void DeactivateUser(long userId)
    {
        using (var db = new MyDB())
        {
            db.Users
                .Where(t => t.UserID == userID)
                .Set  (t => t.IsActive, false)
                .Update();
        }
    }
}

class UserManagerTest
{
    [Test]
    void DeactivateUserTest(long userId)
    {
        using (var db = new MyDB())
        {
            db.Users
                .Where(t => t.UserID == 1)
                .Set  (t => t.IsActive, true)
                .Update();

            new UserManagment().DeactivateUser(1);

            Assert.That(db.Users.First(t => t.UserID == 1), Is.False);
        }
    }
}

void deactivateUser(long userId)
{
  jdbcOperations.update("update user set active=false where id=?", userId);
}

void testDeactivateUser()
{
  jdbcOperations.update("update user set active=true where id=1");
  new UserDao(jdbcOperations).deactivateUser(1);
  assertThat(jdbcOperations.queryForObject("select active from user where id=1"), is(false));
}

• Репозитории служат для того, чтобы методы модели, которым нужно получить доступ к коллекции объектов, не зависели напрямую от системы хранения. В юнит-тестах модели репозитории достаточно легко мокаются, а persistent реализации репозиториев покрываются интеграционными тестами.
  
• При наличии ORM не нужен выделенный слой DAL, т.к. ORM сама по себе выступает таким вот DAL. Репозитории поверх ORM реализуются достаточно тривиально.
  
• Почему представление не может обращаться к репозиторию? Не вижу никаких проблем с этим. Разумеется, под "представлением" в случае веб-интерфейса я понимаю исключительно RPC-сервисы, которые дёргаются скриптами из браузера.
  
• Сами скрипты из браузера напрямую из репозиториев не тащат ничего. И этому есть причины. Дело даже не в языковом барьере (у меня Java + GWT, так что барьера нет), а в том, что когда приложение разделено на несколько процессов (клиент и сервер), то между процессами должно выстраиваться взаимодействие, причём всегда есть определённые накладные расходы, связанные с этим взаимодействием. Например, нельзя просто так организовать ленивую загрузку свойств entity, иначе начнёт ухудшаться отзывчивость из-за latency (да и transaction demarcation идёт нафиг вместе с consistency). Разумеется, разделяем клиент и сервер с помощью remote facade.
  
• Я не знаю, как в .NET, а в Java EE никаких "контекстов" создавать не надо, я просто пишу
  

  @PersistenceContext
  private EntityManager em;

  
  и в путь.
  
• Транзакции в сервисах/репозиториях определяются только декларативно и только типа MANDATORY (т.е. вызывающий метод должен предоставить транзакцию), а сами транзакции управляются из remote facades, тоже декларативно.

class AuditService
{
 final SessionService sessionService;
 final AuditDao auditDao;
 final TimeService timeService;
 void reportAction(AuditOperation op, long id)
 {
   Principal changeAuthor = sessionService.getPrincipal();
   DateTime whenDateTime = timeService.getNow();
   auditDao.save(new AuditRecord(op, id, changeAuthor, whenDateTime));
 }
}

@RunWith(PowerMockRunner.class)
@PrepareForTest( { System.class })
public class SystemTimeTest
{
    @Test
    public void testTime()
    {
        PowerMockito.mockStatic(System.class);
        when(System.currentTimeMillis()).thenReturn(42L);
        assertThat(System.currentTimeMillis(), is(42L));
    }
}

G>>>>ctx.Users.WithoutOpenOrders().First(u => u.Id == userId);
G>>>>

V>>>Вы хотите, чтобы я, не зная вашего проекта по отдельным разрозненным кускам кода догадался до решаемой задачи в целом и предложил оптимальное решение?

.>@RunWith(PowerMockRunner.class)
.>@PrepareForTest( { System.class })
.>public class SystemTimeTest
.>{
.>    @Test
.>    public void testTime()
.>    {
.>        PowerMockito.mockStatic(System.class);
.>        when(System.currentTimeMillis()).thenReturn(42L);
.>        assertThat(System.currentTimeMillis(), is(42L));
.>    }
.>}
.>

[TestMethod]
public void TestMethod1()
{
    using (ShimsContext.Create())
    {
        ShimDateTime.NowGet = () => new DateTime(2000, 1, 1);
        DateTime d = DateTime.Now;
        Assert.AreEqual(2000, d.Year);
    }
}

public SetUserInactive()
{
    using(var con = new SqlDbConnection("строка коннекта"))
    {
        con.Open();
        new SqlDbbCommand("UPDATE User SET IsActive = 0 WHERE UserId = 10").ExecuteNoQuery();
    }
}

void deactivateUser(long userId, String gandjustasParam)
{
 ... ---//--- ...
 gandjustasService.doSomethingSpecialForHim(user, gandjustasParam);
 ... ---//--- ...
}

G>>>Тока не на продашене, а как раз там ошибки деплоймента и случаются

@PersistenceContext
private EntityManager em;

if(!expected.equals(actual)) throw new AssertError("Expect that " + actual + " equals " + expected);

assertEquals(expected, actual);

V>public SetUserInactive()
V>{
V>    using(var con = new SqlDbConnection("строка коннекта"))
V>    {
V>        con.Open();
V>        new SqlDbbCommand("UPDATE User SET IsActive = 0 WHERE UserId = 10").ExecuteNoQuery();
V>    }
V>}
V>

class UserService
{
  @PersistenceContext private EntityManager em;

  void deactivateUser()
  {
       em.executeQuery(...);
  }
}