Создаю модель в PowerDesigner.
На диаграмме верхнего уровня хочу нарисовать, что вся система состоит из нескольких подсистем.

В языке UML вроде бы есть подсистемы, но в PowerDesigner-е значка для подсистемы не нашел.

В PowerDesigner-е есть пакеты. Но согласно спецификации UML, пакеты и подсистемы — это разные вещи.
И мне кажется, что правильнее нужно нарисовать именно подсистемы