У меня всегда получается так, что сервер приложений нужен в основном для коммуникации. Т.е. он получил данные из БД, тупо создал бизнес объект, заполнил и вернул клиенту. Т.е. если мне нужна фильтрация — я делаю дополнительный параметр в WebMethod, и тупо его передаю в хранимую процедуру. А уже в хранимой процедуре реализована логика.
Использую старые WebServices, может быть иная логика просто не вписывается в модель сервисов? Всетаки сервиса — это методы, как и хранимые методы. (методы, функции не суть важно)