I>Все что я сейчас делаю — заставляю тебя пояснять твою же идею

public class GraphService
{
    IRepository<Vertex> verticesRepo;
    IRepository<Edge> edgesRepo;

    public GraphService(IRepository<Vertex> verticesRepo,
                        IRepository<Edge> edgesRepo)
    {
        this.verticesRepo = verticesRepo;
        this.edgesRepo = edgesRepo;
    }
 
    public bool IsGraphConnected(int graphId)
    {
        var q = from v in verticesRepo.Items()
                where v.GraphId == graphId
                select v;
        return IsConnected(AdjancedNodes(q)); 
    }

    public IQueryable<Vertex> ListVertivcies()
    {
        return verticesRepo.Items();
    }

    public IQueryable<Edge> ListVertivcies()
    {
        return edgesRepo.Items();
    }

    private ILookup<int,int> AdjancedNodes(IQueryable<Vertex> q)
    {
        return (from v in q
                from e in v.Edges
                select new {Left = v.Id, Right = e.ToId};
               .ToLookup(p => p.Left, p => p.Right);
    }

    private bool IsConnected(ILookup<int,int> adjancedNodes)
    {
        //skipped
    }
}

public class Graph
{
    public int Id { get; set; }
    public ICollection<Vertex> Verticies { get; set; }
    //...
}

public class Vertex
{
    public int Id { get; set; }
    public int GraphId { get; set; }
    public Graph Graph { get; set; }

    public ICollection<Edge> Edges { get; set; }
    private ICollection<Edge> Edges1 { get; set; } //Для маппинга ассоциаций
    //...
}

public class Edge
{
    public int Id { get; set; }
    public int FromId { get; set; }
    public int ToId { get; set; }

    public Vertex From { get; set; }
    public Vertex To { get; set; }
    //...
}

I>>40мб ?

I>>Создается в рантайме некоторым алгоритмом. Этим алгоритмом может быть как известный тебе cost based mesh design , так и import, load и тд.

var algEngine = container.Resolve<IAlgorithmManager>();
var loader = container.Resolve<ILoader>(connection); 

var newModel = algEngine.Apply(loader, oldModel);

I>>Почему же нигде. Модель и BL про DAL ничего не знают, но это ж не значит что нигде не этот DAL нет ссылок

I>>Эффективно для абстрактного приложения или для конкретного ?

I>>Ты показал вcе что угодно, кроме IsConnected. Где проверка достижимости узлов ?

I>>>var algEngine = container.Resolve<IAlgorithmManager>();
I>>>var loader = container.Resolve<ILoader>(connection); 

I>>>var newModel = algEngine.Apply(loader, oldModel);
I>>>

I>На диске и редактируется пользователем

I>>>Тебе вероятно непонятно как можно жить без ссылок на DAL внутри модели и BL

1)Список всех узлов.
2)Список всех линий.
3)Метод IsConnected.

I>>>На диске и редактируется пользователем

I>У тебя какие то проблемы с приведеным кодом ? Вроде всего три строчки было

var algEngine = container.Resolve<IAlgorithmManager>();
var loader = container.Resolve<ILoader>(connection); 

var newModel = algEngine.Apply(loader, oldModel);

G>var algEngine = container.Resolve<IAlgorithmManager>();
G>var loader = container.Resolve<ILoader>(connection); 

G>var newModel = algEngine.Apply(loader, oldModel);
G>

interface ILoader : IAlogrithm {}

public class Graph : Base
{
    public ICollection<Vertex> Verticies { get; set; }
    public ICollection<Edge> Edges { get; set; }
    /// 
    public bool IsConnected();
    //...
}

public class Vertex  : Base
{
    public ICollection<Edge> Edges { get; set; }
}

public class Edge : Base
{
    public Vertex A { get; set; }
    public Vertex Z { get; set; }
    //...
    public GetAnotherEnd(Vertex v);
}

public class Base
{
    public int Id {get;set;}
    public Base Parent{get;set;}
}

G>Если не понимаешь, то помочь я не могу.

interface ILoader : IAlogrithm {}

I>>Run это и есть твой алгоритм. Как напишешь его, так он и будет устроен IModel это интерфейс рутового объекта модели. Он нужен для того, что бы разделить инфраструкту и модель. Ты ж понимаешь, что тащить Graph в другое приложение нет никакого резона.

object Root {get;set}

I>>Так читал неоднократно Сторонники анемик и рич дошли до того, что у анемистов появились методы в прямо в модели, а у рич нарисовался слой сервисов

I>>А что такое persisted сущность в твоем понимании ? Хочу уточнить, а то мне совсем неохота открывать очередной источник буззвордов, общих фраз и порожнего кода

I>>Чего я понимаю, что ты читаешь и что ты пишешь это ажно ТРИ большие разницы