Как все запутано...
А>Form2:= TForm2.Create(Form1.Owner);
Как я понял, у Form1 Owner это Application, значит у Form2 Owner тоже будет Application
А>Form3 := TForm3.Create(Form2.Owner); //Внимание. Вы видите как вторая форма рождает третью форму и становится ее владельцем.
Нет, я вижу, что Owner у Form3 и Owner и Form2 одинаковые. И судя по всему, это Application.