F>Постораюсь уточнить вопрос: нужен механизм немедленной реакции постоянно работающего приложения на управляющее действие пользователя в браузере(то бишь изменение базы данных). Возможно следует ввести передающее приложение — запускать из командной строки PHPой его, а уж им передавать данные в работающее приложение, но, опять же, КАК?

Cобственно база данных она на то и база чтобы передавать данные. Вопрос только когда в какой момент ... каждую секунду наверное делать запрос неверно, но можно написать кусок который будет следить за изменениями, например
файла, PHP умеет файлы сохранять ? так вот сохраняешь каждый раз при записи новой инфы в базу пустой файл,
программа проверяет date/time этого файла, и если оно > чем обработанное в последний раз то выполнить действие.
В файле можно сохранять номер необх. действия и параметры.

Метод конечно не из лучших, но это на крайний случай..