Системы семейства NT позволяют переименовать исполняемый файл даже если он сейчас загружен. Можно плясать от этого (простейший способ потребует записи ключика в RunOnce и перезагрузки машины).

А вообще я бы написал маленький екзешничек без использования VCL, сжал его UPX-ом и вложил в ресурс оновного исполняемого файла программы (добавит всего килобайт 10 к размеру). После загрузки обновления, отпочковываем от себя этот файлик, запускаем его с нужными параметрами, а сами завершаемся. Файлик же, дожидается нашего завершения, выполняет обновление всего что нужно, снова запускает программу с "секретным" параметром и тихо завершается. Программа при запуске с этим параметром первым делом дожидается завершения загрузчика, удаляет его и дальше работает как обычно.

Можно ничего не прятать, а просто держать этот загрузчик все время в каталоге программы, но тогда его самого обновить будет сложнее (это должна будет сделать сама программа перед его запуском).