D>Очевидно, что компиляция и загрузка исходника не привела к удалению тех функций, которые в нем не были объявлены.
D>Просто код накатился на существующий контекст: новые функции добавились, существующие переопределились, а старые остались без изменений.
D>А хотелось бы иметь возможность загружать код в чистый контекст, чтобы быть уверенным, что программа сможет работать "с нуля".

Например использовать систему пакетов(package). Если надо что-то заново загрузить, то сначала удалить пакет с помощью delete-package, а потом заново его создать.
Но, вряд ли CL отреагирует хорошо на подобные действия с CL-USER.