Здравствуйте, vvv848165@ya.ru, Вы писали:

PD>>А что за файлы в корне ?

Понятно.

Но вообще-то примонтированная как symlink папка рассматривается как просто папка в этом каталоге. Сервер обращается к ней, а NTFS переадресует вызов к файлам , физически находящимся в другом месте. Все это прозрачно для ПО сервера, если только он специально не борется с этим.
Что же касается файлов в корне, то они там на месте и остаются.

Поэтому мне не вполне понятно, в чем проблема. Если сделать как я сказал — удается работать или нет ? Если потом удалить симлинк и перенести папку на ее родное место — что происходит ?

P.S. Кроме симлинков, есть еще и хардлинки, но на них ограничение — только на том же томе. Грубо говоря, сделать хардлинк — это просто сделать, чтобы файл или каталог был в двух разных каталогах. Тут уж точно не должно быть проблем, но решение ли это для тебя — не знаю.