Здравствуйте,
Какой вариант лучше:
1.
Несколько приложений получают данные из разных источников и кладут данные каждый в свою бд.
Отдельное приложение ходит по всем этим бд достает из них данные, обрабатывает и кладет только результат в свою master.db
Веб приложение показывает результат из master.db пользователю.
2.
Несколько приложений получают данные из разных источников и кладут данные в одну и ту же бд master.db.
Отдельное приложение обрабатывает данные в master.db и кладет результат в отдельные таблицы.
Веб приложение показывает результат из master.db пользователю.

Недостатки первого варианта — много баз данных и отсюда больше работы по поддержки инфраструктуры.
Недостатки второго — веб приложение будет разделять ресурсы с остальными приложениями.