Лично я ни разу не видел фирменной тулзы для апгрейда базы с данными. Успешно пользовались самописными. Если нет логики в БД и изменения структуры не сильные, то да, можно использовать что-то типа django. Если есть процедуры-вьюхи и структура меняется, то мы делали свою тулзу. Вполне успешно.
И еще, по поводу хранить в базе номер изщменения и его потом анализировать — это путь тяжелый. Особенно если клиентов много и не все они у себя строго обновляют версии до последней. Я даже не говорю про вариант, что они в БД залезли и что-то там поменяли.