Смутил меня фрагмент доки про autocommit:

autocommit

A setting that causes a commit operation after each SQL statement. This mode is not recommended for working with InnoDB tables with transactions that span several statements. It can help performance for read-only transactions on InnoDB tables, where it minimizes overhead from locking and generation of undo data, especially in MySQL 5.6.4 and up. It is also appropriate for working with MyISAM tables, where transactions are not applicable.

Разъясните, почему это режим не рекомендуют использовать в данном абзаце? Если бы вместо слова statements написали tables, то я бы еще мог предположить, что речь скорее всего идет о негативном влиянии на перформанс (оттого и not recommended).
Ну и сразу дам ссылку на https://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/commit.html , чтобы вы не думали, что внутри транзакций может быть кучка других транзакций