Здравствуйте, glornay, Вы писали:
G>Подозреваю, что я не первый, кто сталкивается с подобной задачей, и изобретать велосипед не хочется, но гуглением ничего подходящего найти не сумел. Не знает ли кто о такой БД?
Возможно первый

Слишком много противоречивых требований. Хотите БД — используйте СУБД и JDBC-драйвер. Хотите файлики — используйте файлики, а SQL к ним делайте уже своими силами, если он так нужен.
Что подразумевается под переносимостью не ясно: ну да, для большинства баз нужно не только скопировать пару файлов, но и выполнить 2-3 команды, но это вроде обычно не проблема.
Для редактирования сторонними средствами данные из БД выгружают (нужную часть) и загружают (правки) — хранить БД в текстовом виде для этого не требуется.
Ну и желание использовать "обычную" (для исходных текстов, я так понимаю) систему контроля версий это странно.
Но есть подозрение, что требования вы сформулировали не самым лучшим образом, поэтому лучше напишите конечную цель.