B>Может есть какие-то ограничения? Как их изменить?
Насколько мне известно нет никаких ограничений.

2005 2008й сиквелы для CLR не используют аллокации из буферного пула (CLR там прикручен сбоку по сути)
поэтому если у тебя 32битный сиквел и базы больше пары гигабайт, то все VAS будет сожрано буферным пулом и CLR-у ничего не останется.

в 2012м аллокатор для bpool'а и для CLR — уже общий.

По хорошему, надо бы отказаться от использования 32 битных сиквелов, ибо это глупость уже очень давно
Но можно и поиграться с костылями, есть такой параметр -g который как раз отбирает VAS у bpool'а

пара линков
http://blogs.msdn.com/b/sqlclr/archive/2006/03/24/560154.aspx
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms190737.aspx