dad>Мысль номер 1 — передалать структуру

Откровенно говоря, не приходит в голову что-то более удобное..

dad>Мысль номер 2:
A>>Проблема заключается в том, что некоторые разделы могут непосредственно не содержать статьи, а содержать их в своих подрубриках. Узнать при этом все рубрики заданного уровня (т.е. по заданному родителю),

dad>Как это он может не содаржать статей , если единсвенная связь с раздела у тебя в таблице статей?
dad>Либо я запутался в твоем объеяснении, так как вижу только три сущности: Статья, Рубрикатор (статья в нескольких рубриках) , Разделы статей

dad>давай опиши вот в этих понятиях задачу.

Всё правильно. Вот пример.

Рубрика А содержит рубрики А1 и А2. Рубрики А1 и А2 содержат статьи. Об этом содержится записи в "Рубрикаторе" (А1_id | ArticleX1_id; А2_id | ArticleX2_id. Однако никаких упоминаний о рубрике А в "Рубрикаторе" нет, т.к. непосредственно она не содержит статей, но её подрубрики статьи содержат. Как узнать, выводить ли в этом разделе рубрику А (она будет ссылкой на страницу со своими подрубриками). Разумеется, пример можно сильно усложнить (на практике именно так и произойдет).