Во-первых,предлагаемый в начале статье метод идентификации родительских элементов с помощью значения 0 или -1 — это полный бред. Единственно верный способ — использование внешнего ключа и значения NULL для вершины дерева.
Во-вторых, хотелось бы предложить ещё один вариант. Идея такая же, как в системе с поразрядным ключом, но вместо ключа использовать строковое поле, где через запятую перечислить значения. Например, строки элементов первого уровня — "1", "2", ... Для второго уровня — "1,3" — третий потомок первого элемента верхнего уровня. Разбор такой строки не сложнее, чем выделение десятичных знаков числа, но не имеет ограничений на размер дерева.
Крайний вариант — в корневой элемент дерева добавить blob-поле с xml-текстом, в котором будет полная структура дерева (т.е. иерархия значений первиынх ключей).