Была аналогичная проблема... Команда TableAdapter'а удаляла данные на сервере. Постоянные тайм-ауты и нестабильность.
Перенес команду в хранимую процедуру на сервере, которую вызывал через QueriesTableAdapter в датасете... Больше глюков не было... покрайней мере пока... Удачи.