Здравствуйте, tiamatinc, Вы писали:
[skip]
T>Вроде всё работает, но последняя строка словно не выполняется , типы реквизитов совпадают.

Все проще!
1. Если реквизит "Клиент" непериодический, то нужно применить метод Записать:

Процедура ОбработкаПроведения()
    СпрКаталог  = СоздатьОбъект("Справочник.Подмена");
    СпрКаталог.НайтиЭлемент(Тело);
    СпрКаталог.УстановитьАтрибут("Клиент",Клиент);    
    СпрКаталог.Записать();
КонецПроцедуры

2. Если реквизит периодический, то тогда:

Процедура ОбработкаПроведения()
    УстановитьРеквизитСправочника(Тело,"Клиент",Клиент, ДатаДок);
КонецПроцедуры

P.S. 1-й вариант очень плохое решение, т.к. не рекомендуется изменять реквизит справочника при проведении документа
(возможно появление больших проблем /у пользователя/ при эексплуатации конфингурации).