Добавь в свою фабрику метод чтения из потока примерно следующего содержания:

class BaseCreator
{
public:
...

    Base* CreateBase(EClassType type) const; 
    Base* CreateFromStream(std::istream &stream) const
    {
         int type = -1;
         stream >> type;
         std::auto_ptr<Base> guard(CreateBase(type));
         if( guard.get() )
            guard->Load(stream);
         return guard.release();
    } 
};