DZS>Сейчас поставил #pragma pack для подстраховки.
DZS>Но как правильно эта проблема решается?

так прагма пак ты куда поставил? в публичный хэдер библиотеки, который один и тот же как для приложения, так и для библиотеки.
или у тебя структура там сложнее?