http://users.livejournal.com/_winnie/433617.html?view=5691601

Если коротко: gcc для #pragma once использует не путь к файлу, а его атрибуты (размер и время) и содержимое.
Это он так борется с проблемой алиасов.

	Undefined! Undefined!
	// a.h #pragma once x++; // b.h #pragma once x++; // main.cc int main() { int x = 0; #include "a.h" #include "b.h" return x; } Если a.h и b.h имеют одинаковое время, то x=1, иначе x=2.

Более подробно — см. жж winnie.