Здравствуйте, Greh, Вы писали:

G>На днях столкнулся с одной интересной проблемой.

Это не проблема, это особенности реализации std::auto_ptr.
Про это уже довольно много говорили тут. Можешь поискать.
В общем не надо использовать auto_ptr со стандартными контейнерами.
Причина именно в том, что auto_ptr реализует только одного владельца.
shared_ptr из boost будет тебе в самый раз