Здравствуйте, ch., Вы писали:

ch.>Есть два файла file.h и file.cpp, которые включены в два разных проекта. В первом проекте используется Precompiled Header (PH), во втором — нет. Соответственно в проекте с PH во всех файлах включая file.cpp должен присутствовать #include stdafx.h, а в проектах где PH не исползуется — файла stdafx.h нет вообще.

Что-то никто не посоветовал самый простой вариант: в file.cpp не включать stdafx.h вообще, и в проекте использующем PH отключить это самое использование только для file.cpp.
В студии это делается просто: правой кнопкой по нужному файлу -> свойства -> Not Using Precompiled Header