Здравствуйте, tnikolai, Вы писали:

T>Основная программа генерирует с++ код, который нужно скомпилировать и добавить к основному коду. В сгенерированном коде содержатся новые дополнительные функции для основной программы. Также чтоб была возможность перекомпиляции добавленных кусков.

T>Как это лучше всего организовать?

С помощью makefile. По моему в Виндах так тоже можно...