1. Заголовочный файл должен находится в прямой видимости, то есть #include <MyElement.h> должен резолвиться — иначе не соберётся.
2. Если в проекте используются PCH для Qt, то надо явно подключать #include <QQmlEngine> в том файле где объявляете QML_ELEMENT — иначе не будет генерироваться код регистрации типа.
