Короче походу проблема чуть локализовалась. При сборке qt5 через vcpkg по умолчанию плагины (включая qtquickcontrols2plugin) собираются статически. Соответственно в коде надо писать Q_IMPORT_PLUGIN(qtquickcontrols2plugin), но увы, линкер ругается. Возможно надо каждый плагин цеплять через target_link_libraries, но я не вижу нужных таргетов для плагинов (есть только для основных qt библиотек, типа Qt5::Core).
