N>>С такой конфигурацией %CD%\qtbase все бинари сыпятся в %CD%\qtbase\bin, собирал всегда так Qt.
XOO>Все же, попробуй так не делать. Наверное что-то поменяли.

Попробовал.
Создал батник, по вашему шаблону:

CALL "C:\Program Files (x86)\Microsoft Visual Studio 14.0\VC\vcvarsall.bat" x86
set QTDIR=
set PATH=%CD%\qtbase\bin;%CD%\gnuwin32\bin;%PATH%
configure.bat -prefix %CD%\..\qt5dll\ -opensource -debug-and-release -skip qtwebengine -skip qtquickcontrols -no-icu -no-accessibility -nomake examples -nomake tests -opengl desktop -mp
nmake

Та же фигня:

error: unable to read PCH file .pch\debug\Qt5Cored_pch.pch: 'no such file or directory'
fatal error: PCH file '.pch\debug\Qt5Cored_pch.pch' not found: module file not found